Prezado Hugo,
Como a atividade de aluguel não é uma receita da atividade própria da Entidade sem Fins Lucrativos, incide sim PIS/COFINS sobre a receita.
A isenção não alcança as receitas que são próprias de atividades de natureza econômico-financeira ou empresarial.
Não estão isentas da PIS/COFINS as receitas auferidas com: sorteios e exploração do jogo de bingo; comissões sobre prêmios de seguros; prestação de serviços e/ou venda de mercadorias, mesmo que exclusivamente para associados; aluguel ou taxa cobrada pela utilização de salões, auditórios, quadras, campos esportivos, dependências e instalações; venda de ingressos para eventos promovidos pelas entidades e receitas financeiras (Parecer Normativo CST no 5/92, de 22 de abril de 1992.
A renda é isenta de CSLL e IRPJ.
A discussão sobre a incidência de PIS/COFINS sobre Receita de Aluguel, tem sido tema movimentado nos Tribunais Superiores. O STF reconheceu Repercussão Geral da matéria mas o julgamento ainda não foi finalizado. O STJ entende que incide PIS/COFINS sobre a receita de aluguel.
Esse é o mesmo entendimento da Receita Federal (Solução de Consulta nº 196, de 30 de agosto de 2013 ).
Espero ter ajudado.