Marcelo, bom dia.
1. Quanto ao processo de encerramento: neste caso, como houve o falecimento de um dos sócios, será necessário primeiramente verificar se já houve o processo de inventário do sócio falecido. Será necessário solicitar ao juízo competente um despacho autorizando o inventariante a assinar todo e qualquer documento com a finalidade específica de regularização e baixa da pessoa jurídica da qual o falecido era sócio. Esta é a única alternativa que conheço e fiz uma única vez, em 2015, salvo engano. Como o processo de inventário ainda estava aberto foi bem simples.
2. Quanto aos débitos: como já relatado nas respostas anteriores, os débitos não impedem a baixa da empresa. O procedimento correto seria a quitação ou parcelamento perante cada órgão, após devidamente levantados. O fisco entende que há solidariedade entre os sócio para fins fiscais. Sendo assim, ele ajuizará cobrança perante a sócia remanescente e o espólio do sócio falecido. Porém, poderá efetuar a cobrança exclusivamente da sócia, sendo que esta, caso executada, terá direito de regresso contra o espólio do sócio falecido da parte que lhe cabia. Quanto ao fato de a sócia não ser administradora, de nada altera a sua responsabilidade com endividamento tributário.
3. Da necessidade do certificado digital: para o DBE de encerramento não há necessidade de certificado digital, mesmo que a empresa possua inscrição estadual. Para o levantamento dos débitos o certificado digital auxilia bastante. O certificado poderá ser confeccionado pelo inventariante com o despacho autorizativo citado no item 1. Mas também poderá ser elaborada procuração pelo inventariante (com despacho) ou pela sócia remanescente para realizar o levantamento presencialmente em todos os órgão.
Daniela Jardim, bom dia.
Haja vista você já ter celebrado o parcelamento dos débitos da empresa, você já tomou a providência necessária para regularização. O encerramento poderia ser procedido ainda que não houvesse o parcelamento, mas a dívida ficaria pendente.
Você pode proceder a baixa sem problema algum e não sofrerá nenhuma sanção.
Quanto à possibilidade de abrir um MEI, sendo esta sua única empresa e estando devidamente encerrada, não há qualquer impedimento para a referida abertura.
Espero ter ajudado.