Luiz Dias, quem emite uma nota fiscal de entrada é um emitente como outro qualquer, por isso, segue as regras da cláusula quinta do Ajuste Sinief 07/2005:
"Cláusula quinta A transmissão do arquivo digital da NF-e deverá ser efetuada via Internet, por meio de protocolo de segurança ou criptografia, com utilização de software desenvolvido ou adquirido pelo contribuinte ou disponibilizado pela administração tributária.
Parágrafo único. A transmissão referida no caput implica solicitação de concessão de Autorização de Uso da NF-e".
2) Quanto a guarda desse arquivo segue normalmente a cláusula décima do mesmo ajuste 07/2005, guarda decadencial:
"Cláusula décima O emitente deverá manter a NF-e em arquivo digital, sob sua guarda e responsabilidade, pelo prazo estabelecido na legislação tributária, mesmo que fora da empresa, devendo ser disponibilizado para a Administração Tributária quando solicitado.
§ 1º O destinatário deverá verificar a validade e autenticidade da NF-e e a existência de Autorização de Uso da NF-e.
§ 2º O destinatário da NF-e também deverá cumprir o disposto no caput desta cláusula e, caso não seja contribuinte credenciado para a emissão de NF-e, poderá, alternativamente, manter em arquivo o DANFE relativo à NF-e da operação, o qual deverá ser apresentado à Administração Tributária, quando solicitado.
§ 3º O emitente de NF-e deverá guardar pelo prazo estabelecido na legislação tributária o DANFE que acompanhou o retorno de mercadoria não entregue ao destinatário e que contenha o motivo do fato em seu verso".
Em síntese: entendo que a nota fiscal de entrada deverá ser enviada normalmente como qualquer outra e o arquivo guardado pelo prazo decadencial de 5 (cinco) anos.