Leticia Vanderlei dos Santos, boa tarde.
Somente para contribuir também para sua rotina, eu costumo fazer igual a você, informo somente o débito.
E conforme o colega Cláudio Antônio da Silva informou, o reconhecimento do pagamento é automático.
Porém, por vezes, esse reconhecimento, que deveria ser automático, não acontece. Dai vou até a situação fiscal da empresa e lá me apresenta um débito que eu sei que já foi pago. Dai o que tenho que fazer? Transmitir DCTF retificadora informando os dados do pagamento para poder reconhece-lo e consequentemente eliminar a pendência. Ontem mesmo tive um caso assim.
Então o que aconselho é periodicamente dar uma olhada na situação fiscal da empresa, para poder ver se tudo está acontecendo como deveria, se os débitos estão sendo compensados com o pagamento e, caso verifique um débito em aberto que você sabe que foi pago, terá que fazer como eu disse anteriormente.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."