O problema pode ser esse de que o fornecedor apenas indicou o ICMS ST na nota fiscal (contudo, não tem e não indicou a inscrição de substituto fornecido por Santa Catarina). O simples destaque do ICMS ST não diz que foi retido, precisa da inscrição de substituto fornecido pelo Estado de destino.
Daí a cláusula décima nona do Convenio 52/2017 dizer:
"Cláusula décima nona Não sendo inscrito como substituto tributário no cadastro de contribuintes do ICMS da unidade federada destinatária do bem e da mercadoria, o sujeito passivo por substituição deverá efetuar o recolhimento do imposto devido à unidade federada de destino do bem e da mercadoria, em relação a cada operação, por ocasião da saída de seu estabelecimento, por meio de GNRE ou documento de arrecadação estabelecido pela unidade federada de destino, devendo uma via acompanhar o transporte do bem e da mercadoria.
Parágrafo único. Na hipótese desta cláusula, será emitida GNRE ou documento de arrecadação estabelecido pela unidade federada de destino distinto para cada NF-e, informando a respectiva chave de acesso".
Obs. Não sendo pago pelo substituto, então, será exigido o ICMS do substituído (MEI) .