Luiz Henrique S. Apostolico,
de acordo com a portaria 31, artigo 9 (postarei mais abaixo) meu entendimento é que deveria ter sido paga até dia 28/02. Essa situação que você trouxe, na minha opinião, seria para situações após a consolidação do parcelamento.
Art. 9º A consolidação somente será efetivada se o sujeito passivo tiver efetuado o pagamento, no prazo de que trata o art. 4º:
I - de todas as prestações devidas até o mês anterior ao referido no art. 4º, quando se tratar de parcelamento; ou
II - do saldo devedor de que trata o § 4º do art. 27 da Portaria Conjunta PGFN/RFB nº 7, de 2013, quando se tratar de pagamento à vista com utilização de créditos decorrentes de prejuízo fiscal ou de base de cálculo negativa da CSLL.
Parágrafo único. Os valores referidos nos incisos I e II do caput devem ser considerados em relação à totalidade dos débitos indicados em cada modalidade de parcelamento ou no pagamento à vista.
Junia, você entrou com algum recurso junto a PGFN até o dia 28? Caso tenha seu problema é "fácil" de resolver. Basta aguardar uma resposta deles para consolidar em momento oportuno. No mais, você possivelmente, perdeu o parcelamento por não prestar as informações necessárias.
Se você tiver imprimido as telas em que seu débito não estava aparecendo para prestar as informações, você pode até tentar entrar com um recurso agora, mas não é garantido que terá sucesso.
sobre os pagamentos, você pode sim pedir a restituição ou compensação dos mesmos. Mas como tem débitos, o mais provável é que ocorrerá a compensação.