Leonardo, bom dia
O ideal é verificar na Junta Comercial de seu estado se existe alguma particularidade, vou mencionar abaixo como ocorre em SP. Visto que JUCESP, RFB e SEFAZ-SP trabalham interligadas.
O procedimento deve ser feito em duas etapas, inicialmente elabore a alteração contratual admitindo o sócio que assumirá a titularidade da EIRELI com 100% do capital e de saída nos demais. Não esquecer de inserir a cláusula de 180 dias. Apesar de poder ser feito no momento da constituição, aconselho você a fazer nesse primeiro passo do processo todas as alterações, aproveite inclusive para já fazer a elevação do capital, ou seja, integralização no ato de 100x o salário mínimo vigente no país.
Feito isso elabore o Coleta WEB na Receita Federal, nesse momento você deverá selecionar que seu processo ainda não foi registrado no órgão competente, desta forma, quando o DBE for liberado, será destinado para análise da Junta Comercial.
Na sequencia você deverá entrar no VRE (JUCESP) e elaborar o processo também.
Após estar com toda documentação certa, encaminhamos o DBE, as vias da alteração contratual e documentos do VRE para JUCESP, que fará análise em todos os órgãos (RFB e SEFAZ inclusive).
Após liberado, você deverá sim informar a Prefeitura da alteração do QSA.
Com a primeira etapa registrada, a segunda parte consiste em fazer a Constituição de EIRELI por Transformação de Tipo Jurídico e o procedimento e os trâmites são os mesmos de antes, deve-se elaborar o Coleta WEB, direcionar para JUCESP o DBE, gerar o VRE e ter em mãos o ato constitutivo de EIRELI por transformação de tipo jurídico, que por sua vez, após deferido terá também de ser informado para Prefeitura.
Lembrando que a IN DREI 35/2017 permite a transformação de tipo jurídico em um único ato, porém, no sistema VRE (elaboração de processos da JUCESP) não é permitido fazer o procedimento em uma única etapa, logo, é preciso fazer da forma antiga, transformando em unipessoal e posteriormente constituindo EIRELI por transformação de tipo jurídico.
