Vanessa, boa tarde
Recomendo que entre em contato com a Junta Comercial e também com o Cartório para obter detalhes sobre os procedimentos.
Ao meu ver, deverá ser feito como uma transformação de tipo jurídico e posteriormente outra, sendo:
1. Registro da Transformação de Sociedade Simples para Sociedade Empresária;
Registra-se no Cartório e posteriormente na JUCESP acompanhado dos documentos necessários.
2. Após registra-se o processo de transformação de Sociedade Empresária para Empresário Individual.
Pelo jeito, terá de ser feita alteração de objeto social também, certo? Entendo que se a atividade hoje está em cartório é porque não podia anteriormente ser registrada em Junta Comercial.