Notificação de Omissão da RAIS - CNPJ e Matrícula CEI

Gostaria de saber se alguém sabe me informar como proceder. Recebi uma notificação de um cliente produtor rural pessoa física de omissão de entrega da RAIS pelo CNPJ, porém fiz a transmissão da RAIS pela matrícula CEI do produtor e dentro do prazo. Provavelmente havia sido entregue em algum ano anterior uma RAIS negativa pelo CNPJ, pois o empregador ainda não tinha funcionários. No momento ele tem funcionário e a RAIS é entregue pela matrícula CEI do produtor rural. Como fazer com essa notificação de omissão do CNPJ do produtor rural?

Se ele tem CNPJ deverá enviar RAIS também pelo CNPJ. O envio pela CEI não isenta as obrigações do CNPJ.
Envie a RAIS negativa.

Obrigado pela informação, Aparecida