controle de estoque

Prezados Colegas!

Gostaria da opinião de vocês com relação ao seguinte fato:
Uma empresa realizou a baixa no estoque de uma mercadoria recebida em devolução de um cliente, em decorrência dessa
mercadoria ter sofrido deterioração no transporte. Emitiu a Nota Fiscal da baixa utilizando o preço de custo de aquisição,
contudo após esse procedimento, surgiu uma diferença de valor a maior referente a margem de lucro no controle de estoque.
Suponho que seja alguma inconsistência do sistema de controle de estoque. Alguém já vivenciou caso semelhante?

Agradece,

Valdeir Carlos