Quando dar baixa na CT de funcionário afastado desde 2003 por auxílio doença

Tive um restaurante já fechado desde 2005, porém a empresa não pôde ser fechada porque uma funcionária, em 2003, teve câncer de Mama com sequelas e recebe o auxílio doença até hoje (2018), mas o INSS não a aposentou definitivamente. Como faço para dar baixa na carteira de trabalho dela?
Agradeço desde já pela ajuda e atenção.

Mary, boa tarde.
Já podia ter encerrado o contrato desse empregado, isso porque a empresa encerrou suas atividades, o que deve ser feito e convocar o empregado mencionando que a empresa (esta encerrando suas atividades) encerrou suas atividades, e por esse motivo está encerrando seu contrato de trabalho.
Lembrando que deve verificar a cct ou entrar em contato com o sindicato.
Veja no link abaixo

http://www.empresario.com.br/legislacao/edicoes/2008/enc_ativ_emp_afas.html

Boa tarde!

Que eu saiba a empresa pode ser extinta e baixa em todos os órgãos públicos federal, municipal, etc., mesmo que no momento tenha funcionário afastado por motivo de auxílio-doença. E a data da baixa na carteira seria o mesmo do encerramento da empresa.
Faria a rescisão com todas as verbas de direito (pagar o aviso indenizado). Já que como a empresa não tem atividade, como que a funcionária irá voltar a trabalhar nela algum dia?
A funcionária não perderia o benefício por conta disso.

A não ser que essa empresa possua filiais ou grupo econômico e esta possa ser transferida para outra unidade.

Porém por precaução é melhor contatar diretamente o INSS.