Bom dia Izadora;
Essa questão do sincronizado ficou bem confusa e bem criteriosa mesmo.Tive o mesmo problema aqui em Curitiba.
Aconselho você a tirar um QSA atual da empresa perante a Receita. Feito isso pegue todas as alterações que tiveram posteriores a data de entrada dos sócios conforme o QSA.
Ai, você faz um DBE com alteração de QSA, nele você vai informar todos os sócios que já entram e sairão da sociedade, nem que ele tenha entrado, mas já saído. Essa é única forma de acertar o cadastro.
Ai por fim você deixa a composição atual, conforme a última alteração. E quem assina é o sócio qualificado na última alteração de contrato social.
Porém se não houve saída de sócios, e somente troca de % do capita entre os mesmos, basta você fazer um DBE de alteração de QSA, porém você vai marcar a opção de Alteração de dados sócio/administrador.
E na questão do certificado Izadora, como a vinculação do certificado está no CPF do sócio, acredito que é necessário fazer uma nova certificação com o sócio responsável atual, pois na hora de confrontar os dados do certificado, com a base de dados da RFB vai apresentar divergência. E com isso não possibilitará o acesso.