Nilcea,
Se atransferência for entre Juntas Comerciais, vc deve arquivar na do Estado onde está sediada, uma "Transferência de Sede para outra UF" que nada mais é que uma Alteração Contratual na qual acontece uma espécie de consolidação do Contrato - todas as cláusulas devem constar do instrumento, depois da que informa que a empresa, doravante, funcionará no Estado tal (endereço completo); feito esse arquivamento, vc deve solicitar uma Certidão (simplificada) da transferência. Sugiro uma busca prévia de nome empresarial na Junta do Estado para onde vai, o que evitará transtornos, caso o nome já tenha registro lá.
Com esses 2 documentos na mão (transferência já registrada na Junta + Certidão simplificada da transferência) é que vc pode dirigir-se à Junta do Estado destinatário.
Se a transferência for entre Junta Comercial X Cartório de PJ, busque informações no Cartório antes de efetivar a transferência na Junta, pois nesse caso, acontecerá uma "Conversão de Sociedade empresária em Sociedade Simples" e não sei se há a possibilidade de ser direta da Junta de um Estado para o Cartório de outro Estado.
Os colega do Forum certamente ajudarão, como sempre fazem. Enquanto isso, buscarei mais informações...