Ian, você deve considerar que todo o valor do cofins de nov/09 não foi pago e corrigir com multa e juros até a data do envio da Decomp. Não pode ser feito um 'encontro de contas' pra quitar crédito e débito, mesmo eles sendo da mesma natureza, e calcular multa e juros só da diferença. Considerando que são fatos geradores (meses) diferentes.
Por exemplo: Nov/09, valor não recolhido R$ 1.000,00. Utilizando o Sicalc para pagamento até 30/04/10 R$ 200,00 de multa e R$ 30,10 de juros, total R$ 1.230,10.
Para cada darf que você efetuou o pagamento a maior, será necessário o preenchimento de uma decomp.
Digamos que no mês de janeiro, você tenha verificado que o pagamento a maior foi de R$ 250,00. Corrige pela Selic (selic integral a partir do mês seguinte ao pagamento + 1% do mês da compensação. Pode usar o sicalc para conferir ou usar o site da Receita).
Valor da correção: R$ 26,50. Na decomp de janeiro, você teria R$ 276,50 para compensar com o débito de novembro, fazendo cálculo proporcional multa e juros. Fazer assim para cada um dos darfs pagos a maior.
Acho que como são muitos darfs, e você tendo que fazer proporção de multa e juros para cada decomp, seria meio confuso, já que acredito que seja a 1ª vez que você faz uma Decomp. Te aconselho a recolher um darf referente ao valor de nov/09 corrigido e usar estes créditos de pagamento a maior com outros tributos, que ainda não venceram. O reflexo financeiro será o mesmo, mas acredito que a parte operacional seja menos confusa.