Prezado Jair,
Tive um caso parecido há um tempo atrás, em consulta ao fisco SP me informaram a seguinte resolução para o caso:
Emitir outra NF para o cliente pois para a operação deve haver a informação eletrônica, informando em dados adicionais NF-e em substituição a NF-e cancelada nº___ emitida no dia__/__/____ para o cliente____________CNPJ_________IE__________, se a operação teve fato incidente de imposto e a nova NF-e for emitida em período posterior ao recolhimento devido, o mesmo deve ser recolhido com multas e juros.
O cliente lança a NF como simples faturamento e informa em campos adicionais a informação da substituição da NF-e.
Registra o ocorrido no Modelo 6 - Ocorrencias Fiscais.
Se o cliente não quer a emissão de outra NF-e ele pode estar sendo conivente com o erro e passível de multa, o mesmo deve dar entrada da nF-e substituta e registrarno modelo 6 também.
Espero ter ajudado.
Abs
Eder