Carlos,
Na verdade você deverá fazer um trabalho que não cause dúvidas á fiscalização; se as despesas são de p.fisica você poderá lançar normalmente, lembrando talvez um dia você terá que provar à fiscalização que tais despesas pertencem a p. fisica.
A idéia que veio no momento é que você separe o endereço colocado sala A ou B e etc. para separar um movimento do outro.
No que se diz a algumas despesas agua, energia etc. normalmente são divididos entre as partes, isso é você quem sabe, talvez um contrato entre as partes poderia clarear mais os fatos.
Não sei se ajudei,
Um abraço,