Boa Tarde, Carla Aparecida Almeida Gomes.
1) O valor do seguro pago/recebido pela indenização de sinistro, mesmo parcial, pela seguradora o valor é tributável pelo IR/CSLL (DRE, Outros Resutados Operacionais, conta: Ressarcimento de Sinistros de Bens do Imobilizado). Note que não incidirá PIS/COFINS.
2) O entendimento se norteia pelo RIR/99, arts. 418 e 521; pela IN-RFB nº 390/2004 no art. 88, Inciso III, letra "g"; pela Lei 11.941/09, ou seja, o Artigo 79 dessa Lei revogou o parágrafo 1º do Artigo 3º - Lei 9.718/98 - revogação do "alargamento" das bases de cálculo do PIS/COFINS no regime cumulativo.
3) Como o bem foi sinistrado (pegou fogo) parcialmente ele não deverá ser baixado. Os custos da sua recuperação serão despesas operacionais normais da empresa (DRE, Despesas de Produção, conta: Despesas de Manutenção de Máquinas e Equipamentos). No lucro real seriam também dedutível para efeito de apuração do IR/CSLL; como a sua empresa faz a tributação pelo critério do lucro presumido não há nenhum efeito fiscal.
Abraços.