Olá!
Férias indenizadas, pagas na rescisão, não sofrem retenção de IR.
Existe deteminação legal (da própria Receita Federal) para isto.
Conforme SOLUÇÃO DE DIVERGÊNCIA Nº 1, DE 2 DE JANEIRO DE 2009, está DESOBRIGADA a retenção de IRRF de férias pagas em rescisão:
As verbas referentes a férias - integrais, proporcionais ou em dobro, ao adicional de um terço constitucional, e à conversão de férias em abono pecuniário compõem a base de cálculo do Imposto de Renda.
Por força do § 4º do art. 19 da Lei nº 10.522, de 19 de julho de 2002, a Secretaria da Receita Federal do Brasil NÃO constituirá os créditos tributários relativos aos pagamentos efetuados por ocasião da RESCISÃO DO CONTRATO DE TRABALHO, aposentadoria, ou exoneração, sob as rubricas de férias não-gozadas - integrais, proporcionais ou em dobro - convertidas em pecúnia, de abono pecuniário, e de adicional de um terço constitucional quando agregado a pagamento de férias, observados os termos dos atos declaratórios editados pelo Procurador-Geral da Fazenda Nacional em relação a essas matérias.
A edição de ato declaratório pelo Procurador-Geral da Fazenda Nacional, nos termos do inciso II do art. 19 da Lei nº 10.522, de 19 de julho de 2002, desobriga a fonte pagadora de reter o tributo devido pelo contribuinte relativamente às matérias tratadas nesse ato declaratório
Caso haja a retenção, o funcionário poderá requerer a restituição do respectivo valor (através da sua declaração anual - que entrará na malha fina) , e a receita vai analisar o caso e poderá autuar a empresa.
Este caso aconteceu comigo, resolvi meu problema na RF e a empresa agora responde processo por isso...
Espero ter ajudado!