Yara, gravidez não é doença, a estabilidade da empregada gestante aplica-se apenas quanto ao caso da dispensa arbitrária, isto é, sem justa causa.
Se a empregada dá causa como atrasos constantes, faltas ao serviço, descumprimento de suas tarefas, descaso com estas, enseja a dispensa com justa causa.
Aplique a advertência e explique a ela a Lei e a diferença em agir de modo a descumprir com suas obrigações. Caso ela alegue mal estar e etc, paa isso existe o recurso do atestado médico, uma vez que ao ser examinada o médico conclua que ela estaria sem condições de trabalhar, ele emitirá a licença para o nº de dias necessários para a solução do problema (não da gravidez, já que esta não é doença).
Yara, se a empresa precisa que a empregada apresente atestado confirmando sua gravidez, terá a empresa, então, de encaminhar às próprias custas esta empregada ao exame médico que confirmará sua gravidez. O atestado à punho não é irregular, muitos médicos que atendem pelo SUS fornecem atestados assim.
Finalizo recomendando que converse com esta empregada, explique à ela que a estabilidade devida é apenas para a dispensa sem motivo, e que ela precisa resolver seus problemas de saúde, caso contrário estará dando motivos para a dispensa. Forneça à ela o endereço e telefone do Sindicato dos Empregados de sua categoria, eles lá irão confirmar e ela talvez entre nos eixos.
Boa sorte!