Angela, se a empresa já tem data certa para sua homologação e esta se localizar em data em que não estará disponível, faça uma carta de próprio punho informando que precisará se ausentar da cidade por um prazo determinado (informe em aproximado este prazo), pedindo, assim, que se adie a homologação.
Isso é uma segurança pra vc como tmb para a empresa. Mesmo que eles ainda não tenham data de homologação convém que vc faça esse comunicado, assim, eles agendarão a homologação para data posterior ao seu retorno informado.
Pode haver problemas, sim, quando ao saque do FGTS. Não é que vc perde (o dinheiro é seu e só vc pode sacá-lo), o que pode acontecer é a validade da chave que a empresa irá gerar, pode ser que no seu retorno seja necessário que a empresa gere outra chave. Ás vezes dá problema, o sistema cai, a nova chave não fica registrada direito no sistema. Por isso é melhor que vc homologue e saque o FGTS na volta de sua viagem.
Mas é importante que vc tenha certeza do prazo que levará para voltar, de modo a não dar qualquer problema.
Espero ter ajudado.
Boa viagem!!