Raquel, boa noite! Tudo bem?
Veja a Solução de Consulta 105/2012, pois entendo que se aplica ao seu caso.
Pelo que dela consta, conforme entendi, você deve obter o fator redutor com base na receita bruta acumulada de todos os estabelecimentos da empresa (matriz e filiais), e então aplicar o redutor sobre o valor do INSS devido por cada estabelecimento. Vou tentar exemplificar:
R.Bruta matriz: R$ 10.000,00 (sujeita à desoneração)
R.Bruta filial 1: R$ 10.000,00 (não sujeita à desoneração)
R.Bruta filial 2: R$ 5.000,00 (não sujeita à desoneração)
R.Bruta filial 3: R$ 5.000,00 (não sujeita à desoneração)
R. Bruta total: R$ 30.000,00
% redutor = 0,3333 (R$ 10.000,00 / R$ 30.000,00)
INSS folha devido matriz: R$ 10.000,00 x 1% = R$ 100,00
INSS devido filial 1 com redutor: R$ 333,33
INSS 20% folha devido filial 1 sem redutor: R$ 1.000,00
INSS devido filial 1 com redutor: R$ 333,33
INSS 20% folha devido filial 2 sem redutor: R$ 1.000,00
INSS devido filial 1 com redutor: R$ 333,33
INSS 20% folha devido filial 3 sem redutor: R$ 1.000,00
INSS devido filial 1 com redutor: R$ 333,33
Aguardo comentário dos colegas quanto à correção das informações.
Atenciosamente,
Márcio Vitti