Mudança de software de geraçã no meio do exercício

Pessoal, saudações.

Sou analista de sistemas e estou com uma situação na qual não estou sabendo como proceder.

O cliente no qual implantamos o software em 2011 está enviando o SPED CONTÁBIL agora referente ao exercício de 2011, porém até 06/2011 ele utilizava outro software de gestão e a partir de 07/2011 passou utilizar o nosso.

Na implantação, as movimentações do outro software não foi importada, apenas os saldos das contas.

Para o envio do SPED, a DRE fica correta devido a essa implantação de saldos que foi realizada, porém como dito anteriormente a mesma é sintética e não analítica.

Agora o cliente está com dúvida referente a essa situação, pois parte do movimento está em um software e parte está em outro.

Nesse caso como é o procedimento? Posso mandar o arquivo que tenho com os valores corretos, porém parte das movimentações? O questionamento do cliente é em relação a alguma fiscalização onde o fiscal pode questionar essa situação, mas informei ao mesmo que deverá manter o software anterior para consultas e emissão de relatórios.

Alguém pode me instruir em relação a essa situação?