Divina Lima, bom dia.
Referente a 1ª pergunta: Toda empresa pode ter filiais em qualquer localidade do território nacional, desde que exista a cláusula no contrato social.
Referente a 2ª pergunta: Poderá transforma-la em "SOCIEDADE LTDA" fazendo uma alteração contratual criando a clásula específica para tal situação.
Em São Paulo, a alteração contratual feita em cartório, demora aproximadamente 10(dias) úteis, a alteração deverá ter firma reconhecida de todos os sócios, e um requerimento assinado pelo responsável da empresa com firma reconhecida, não há exigência de documentos pessoais para este caso.
Para maiores detalhes disso tudo ai que foi dito clique aqui e navegue pelas páginas dos 10(dez) cartórios em São Paulo.
Sds