Bom dia a todos.
Achei a solução e foi mais fácil que estava imaginando.
Não fiz antes por desacreditar que o Governo de São Paulo prestasse serviço de suporte técnico de verdade para o emissor. Não confio em governos em geral... Porquê falo isso? Porque tentei ligar no número 0800 170 110 e veio aquele monte de mensagens pré-gravadas que não terminavam nunca, pedindo para digitar opções e indo para mais opções. A impressão nesse processo era a de que eu iria cair em uma gravação genérica falando o óbvio. Desisti no meio do caminho.
Hoje estava prestes a desinstalar meu emissor e migrar para um superior (no caso de 2.0 para 3.10), uma decisão que fiquei matutando desde ontem. Mas antes disso resolvi tentar novamente o tal 0800 (nota: esse suporte é apenas para contribuintes do estado de São Paulo, não atende pessoas de outros estados).
Bom, fui lá navegando e digitando opção 2, opção 1, opção que não acabava mais até chegar em uma gravação falando o óbvio. Pensei: é do governo, é porcaria mesmo...
Mas dessa vez fiquei ouvindo a gravação (que só passa informações óbvias como já disse) e ao final, apareceu uma opção para falar com um atendente (!!!!).
Bem, esse atendente era realmente um SUPORTE TÉCNICO e passei minha situação para ele. Claro que ele segue um roteiro e comecei a ficar irritado quando ele pedia para eu fazer coisas que já tinha feito aos montes e dado errado. Mas, me segurei, entrei no ritmo dele e aí as coisas começaram a andar para um caminho diferente.
Enfim, ele me deu a solução - após me fazer repetir vários procedimentos que eu já tinha percorrido - e, voilá! - deu certo!!! :)
Bom, o caminho que ele me fez passar é o seguinte (vou repetir para tentar ajudar alguém que está passando pelo problema e é de fora do estado de São Paulo. Se você é de SP, sugiro que ligue no 0800 170 110 e tenha paciência, siga os inúmeros passos e chegue até o suporte).
1- o atendente de cara perguntou qual meu problema: expliquei que ja era emissor de NFe e tinha renovado meu certificado digital, porém migrando do A-1 para usar agora o A-3 com Token, e que não estava mais conseguindo assinar minhas notas fiscais. Ele perguntou se o Certificado estava instalado. Respondi que sim, pois já havia acessado o site da Receita Federal e testado no e-CAC, ocorrendo tudo perfeitamente. Só no Emissor que eu não conseguia usar o Certificado novo.
2- o atendente mandou abrir o Emissor de NFe.
3- Pediu para iniciar o programa e ir na aba SISTEMA e depois em CERTIFICADOS. Abrir Certificados;
4- Pediu para informar qual opção estava marcada. Falei para ele que já havia testado todas as opções e nenhuma dava certo. Ele repetiu: Que opção estava marcada... (nessa hora que me irritei um pouco hehehehe, mas entendi que tinha que entrar no ritmo dele, pois ele deve ter um roteiro e o correto era seguir);
5- avisei então que estava marcado em "Utilizar Repositório de Certificados do Windows" e que, quando eu ia assinar a NF, aparecia apenas o certificado antigo já vencido, o A-1;
6- Ele pediu para eu abrir meu navegador Internet Explorer, ir em FERRAMENTAS>OPÇÕES DA INTERNET> aba CONTEÚDO> clicar no botão CERTIFICADOS> aba PESSOAL e então informar se havia algum certificado lá armazenado. Falei que sim, que o certificado estava lá bonitinho (se você teve antes certificados do tipo A-1, eles também aparecerão lá, mesmo vencidos. O nome dos certificados são o mesmo, a diferença para saber qual é o atual é OLHAR A DATA. A data que aparece junto a cada certificado é a data de EXPIRAÇÃO. Qualquer certificado com data vencida é velho, o que vale será o que tem data superior (após) a data atual. No meu caso, aparecia a data de JANEIRO DE 2018). Nota: Você pode apagar - REMOVER - os certificados já vencidos que estão no seu navegador sem problemas, pois para mais nada servem. Deixe apenas o atual, MAS MUITO CUIDADO AO FAZER ISSO, tenha certeza de estar removendo os com data anterior à atual. Se você utilizar o Chrome, o caminho para chegar até esses certificados é olhar na barra de ferramentas e achar aquelas TRES LINHAS que ficam no canto superior direito e significam "Personalizar e Controlar o Google Chrome", clicar lá, ir em CONFIGURAÇÕES>DESCER A PÁGINA ATÉ aparecer "Mostrar configurações avançadas" e clicar sobre essa frase > descer até "HTTPS/SSL e clicar em CERTIFICADOS> aparecerá uma na ABA PESSOAL e lá estarão seus certificados;
7- Bem, ao dizer que o certificado estava lá, ele pediu então que eu fosse na página http://www.emissornfe.fazenda.sp.gov.br/download_v2.html USANDO O GOOGLE CHOME e não o Internet Explorer;
8- mandou eu achar "Instalação/Execução do aplicativo" e clicar no link para baixar novamente o aplicativo emissor 2.0;
9- Clicando, vai abrir uma caixa para salvar o arquivo executável. Salve. Depois de salvo, abra o arquivo executável;
10- Seu Emissor de NFe vai ser instalado novamente em cima do anterior. O ícone na área de trabalho vai atualizar automaticamente;
11- Depois disso, abri novamente o "novo" Emissor, fui á em CERTIFICADOS e já estava marcado a opção "Utilizar Repositório de Certificados do Windows". Deixar assim;
12- Ele pediu para eu assinar uma NFe. Bom, nessa hora, como eu já estava com uma nota pronta, só esperando assinatura, foi fácil. Apenas abri o GERENCIADOR DE NFs, selecionei a última nota gerada e salva e cliquei em assinar. DEU CERTO! Abriu uma caixa diferente, que não abria antes, pedindo a SENHA DO TOKEN. Coloquei a senha e a NF foi assinada. Transmiti e deu tudo certo.
Bom, A SOLUÇÃO PARA ESSE CASO DO TÓPICO É BAIXAR NOVAMENTE O EMISSOR 2.0 E REINSTALÁ-LO, CLARO QUE DEPOIS DE CHECAR SE SEU CERTIFICADO A-3 ESTÁ MESMO ATIVO. Isso vale para quem já estava utilizando normalmente o Emissor e teve problemas apenas na troca de tipo de Certificado de A-1 para A-3 com Token.
Espero que ajude alguém, e que não esteja muito confuso o texto.
Abs a todos e obrigado aos que interagiram aqui.