Wellington, boa tarde.
vou tentar explicar da forma mais prática possível.
Empresas transportadoras obrigadas ou optantes pelo Lucro Real apuram o débito de COFINS com alíquota de 7,6% e PIS a 1,65%. As mesmas alíquotas devem ser mantidas para apuração do crédito deste tributos, com base no princípio Constitucional da não cumulatividade.
Acontece que os serviços tomados de pessoa física, via de regra, não dão direito a crédito de PIS e COFINS, no entanto, os § 19 e § 20 do art. 3º da Lei 10.833/2003. determinam que:
A empresa de serviço de transporte rodoviário de carga que subcontratar serviço de transporte de carga prestado por transportador autônomo ou transportadora optante pelo simples nacional poderá utilizar como crédito 75% deste montante pago no período.
Tomando seu exemplo como base, vamos calcular o valor devido de PIS e COFINS, considerando que o custo de subcontratação refere-se a serviços tomados de transportador Autônomo ou empresas optante pelo simples nacional.
Receita: R$ 100,00
Débito de COFINS: 100 * 7,6% = R$ 7,60
Débito de PIS: 100 * 1,65% = R$ 1,65
Custo: R$ 90,00
Crédito de COFINS: (90 * 75% = 67,5): 67,5 * 7,6% = R$ 5,13
Crédito de PIS: (90 * 75% = 67,5): 67,5 * 1,65% = R$ 1,11
Pagamento
COFINS a pagar = 7,60 - 5,13 = R$ 2,47
PIS a pagar = 1,65 - 1,11 = R$ 0,54
Estes são os valores finais a pagar.
Lembrando que os demais custos dedutíveis, tais como, seguro de carga, monitoramento, combustível etc. No momento de aplicar a alíquota para encontrar o crédito, os valores deverão ser considerados integralmente. Os 75% é somente para os casos citados a cima.