Prezada Priscila, boa tarde!
Primeiramente você deve ter em mãos o documento que originou o repasse/pagamento de tais valores, que pode ser: Contrato, Convênio, Termo de Parceria, etc....
Independentemente do tipo de documento você deverá verificar se possui alguma cláusula que torna *VINCULADO o recurso destinado a essa parceria.
(*) Quando você deve manter o recurso separado das outras C/C da entidade, ele tem finalidade específica e ao final da parceria, se houver sobra, o valor deve ser devolvido ao órgão.
Se acaso não possuir restrição, ou seja, vocês prestam um serviço e são remunerados por isso, baseado por exemplo em uma relação de atendimentos (em se tratando de SUS), o recurso recebido DEVE ser reconhecido como RECEITA.
Se acaso possuir destinação específica, ou seja, RECURSO VINCULADO, deve ser tratado no Ativo e no Passivo, e ir reconhecendo como Receita a medida em que o objeto do Convênio/Contrato/Termo de Parceria vai sendo executado.