Então é o sistema da sua prefeitura que está tendo equívoco na interpretação...
Anote aí:
Resolução CGSN nº 94/2011
Art. 27. A retenção na fonte de ISS da ME ou EPP optante pelo
Simples Nacional, somente será permitida se observado, cumulativamente:
I - o disposto no art. 3º da Lei Complementar nº 116, de 2003;
II - a alíquota aplicável na retenção na fonte deverá ser informada no documento fiscal e corresponderá ao percentual efetivo de ISS decorrente da aplicação das tabelas dos Anexos III, IV ou V desta Resolução para a faixa de receita bruta a que a ME ou EPP estiver sujeita no mês anterior ao da prestação, assim considerada:
a) a receita bruta acumulada nos 12 (doze) meses que antecederem o mês anterior ao da prestação;
Observe a alínea "a": 12 Meses que antecedem o mês anterior.
Então, emissão em Maio, "pula" Abril que é o mês anterior, e utiliza a RBT12 de 03/2018 a 04/2017.