O art. 60 da Lei n. 4.320/64 diz que é vedada a realização de despesa sem prévio empenho. Realização de despesa é a execução de um serviço/obra ou a entrega de material/bem. O contrato, por si só, não caracteriza realização de despesa.
Porém, tendo por base o inciso V do art. 55 da Lei n. 8.666/93, nos contratos devem constar o crédito pelo qual correrá a despesa, com a indicação da classificação funcional programática e da categoria econômica, por isso, em geral o empenho precede o contrato e é feito constar, nos contratos, os empenhos a ele vinculados. Porém, vejo que é algo muito mais doutrinário do que prático, já que, muitas vezes, primeiro se assina o contrato (e nele constando as rubricas orçamentárias) e depois se emitem os empenhos, porém antes do início da execução do objeto contratado.
Em resumo: em geral, não terás problemas se o contrato/aditivo vier antes do empenho desde que:
1. Conste no contrato as rubricas orçamentárias a ele vinculadas; e
2. O início/continuação da execução do objeto contratual ocorra após o empenho da despesa.