emissão ne nota fiscal

Tenho uma transportadora,em SP e no envio de mercadorias para o RS , os paletts que acompanham, ficam armazenados em um deposito .
Agora preciso transportar esses paletts novamente de volta para SP.; Qual o procedimento na emissão de NFe? Posso emitir somente CTe? Incide impostos?

Caso sua empresa esteja contemplado no Ato Cotepe ICMS nº 02/2008 deverá proceder nas emissões de NF-e conforme cláusulas segunda a quarta do Convênio ICMS nº 04/99:

"Cláusula segunda A Nota Fiscal emitida para documentar a movimentação dos “paletes” e “contentores” deverá conter, além dos requisitos exigidos:
I - a expressão “Regime Especial - Convênio ICMS 04/99”,
II - a expressão “Paletes ou Contentores de Propriedade da Empresa ...(nome)”.
Cláusula terceira As Notas Fiscais emitidas para a movimentação dos “paletes” e “contentores” serão lançadas nos livros próprios de entrada e de saídas de mercadorias com utilização apenas das colunas “Documento Fiscal” e “Observações”, indicando-se nesta a expressão “Paletes” ou “Contentores” da empresa... (a proprietária)”.
Cláusula quarta A empresa proprietária manterá controle da movimentação dos “paletes” e “contentores” com indicação mínima da quantidade, tipo e do documento fiscal correspondente, bem como do estoque existente em seus estabelecimentos e de terceiros.
Parágrafo único. A empresa proprietária fornecerá às unidades federadas quando solicitado, o demonstrativo de controle previsto nesta cláusula, em meio magnético ou em outra forma que lhe for exigida".