Tributação do Simples para empresas de construção civil

Olá, estou precisando de uma informação sobre a tributação do simples nacional em empresas de construção civil. Sou sócio de uma micro empresa que atua nesse ramo e estou a algum tempo questionando com meu contador sobre a forma como estou pagando os impostos referentes aos serviços que tenho prestado. Tenho trabalhado ultimamente com licitações de obras publicas e para tal compro todos os materiais e equipamentos necessários a execução das obras, no entanto a minha dúvida é: Quando é calculado os tributos que devo recolher do simples, o contador esta fazendo esses cálculos para recolhimento dos impostos utilizando o valor bruto que coloco na nota fiscal, pois para receber da instituição para qual presto serviço é necessário a emissão da nota incluindo o valor, tanto dos materiais como da mão de obra. O problema é que na maioria das vezes o valor dos materiais ultrapassam 75% do valor total dessa nota emitida e eu estou pagando os impostos referente a 100%. Gostaria de saber se o contador está fazendo o certo ou esse valor deveria ser calculado apenas sobre a base de cálculo?

Obs. A empresa está inclusa no anexo IV e tem desconto de 50% para pagamento do ISS e em alguns casos pode ser apresentado junto a prefeitura as notas fiscais de compra dos materiais utilizados na obra e esse valor é abatido, usando para base de cálculo do ISS apenas os valores referente ao serviço.