Leiylah,
Para as pessoas jurídicas sujeitas ao regime cumulativo, a base de cálculo é a prevista na Lei . 9.718:
Art. 2° As contribuições para o PIS/PASEP e a COFINS, devidas pelas pessoas jurídicas de direito privado, serão calculadas com base no seu faturamento, observadas a legislação vigente e as alterações introduzidas por esta Lei.
Art. 3o O faturamento a que se refere o art. 2o compreende a receita bruta de que trata o art. 12 do Decreto-Lei no 1.598, de 26 de dezembro de 1977.
Portanto a base de cálculo corresponde à receita bruta definida no DL 1.598/77 que está assim redigido:
Art. 12. A receita bruta compreende:
I - o produto da venda de bens nas operações de conta própria;
II - o preço da prestação de serviços em geral;
III - o resultado auferido nas operações de conta alheia; e
IV - as receitas da atividade ou objeto principal da pessoa jurídica não compreendidas nos incisos I a III.
Portanto, se a entidade apenas presta serviços, a base de cálculo é a receita de serviços. Se entidade explora outra atividade a receita dessa atividade também será tributada.
O registro deve ser feito de acordo com o regime de competência e este regime deve ser adotado para fins de recolhimento. Regime de caixa só é admissível para o Lucro Presumido.