João, a CND da obra refere-se somente ao INSS daquela obra em específico. Portanto, poderá ser liberada mesmo com pendências nos impostos normais da empresa.
Apenas pra esclarecer um pouco como será o processo, inicialmente você terá que preencher a DISO Internet, e posteriormente apresentar os documentos originais na ARF da Receita Federal da sua cidade.
Na qualidade de Pessoa Jurídica você poderá regularizar essa obra de duas formas: por contabilidade ou por aferição.
Se você tem contabilidade regular, registrou os funcionários no CEI da obra e recolheu o INSS dos mesmos, poderá regularizar por contabilidade e não terá mais nenhum valor a recolher.
Se não for o caso, a regularização será por aferição, ou seja, um cálculo que vai levar em conta a área construída e o CUB do seu estado/região (caso tenha recolhimentos, os mesmos serão descontados).Essa opção você fará na DISO.
Abraço.