Debora, boa tarde.
1 - Por ser acidente de trabalho a empresa precisa fazer um calculo e pagar, ou é a Previdência que vai depositar?
R - O INSS pagará proporcionalmente o periodo afastado, cabendo a empresa pagar os avos que trabalhou, lembro também que se tratando de Acidente de Trabalho, em algumas convenções coletiva de trabalho, menciona que a empresa pagará no primeiro ano de afastado a diferença entre INSS X Empresa, exemplo
Supondo que seu salario (hoje) seja de R$ 2.000,00, onde se afastou por acidente de trabalho em 05/ Maio/2018, e recebeu do INSS 08/12 sendo que o salario de beneficio, em virtude da média e de R$ 1.400,00, então ele recebeu (1.400/12)*8 = 933,33, lembrando que o INSS paga tudo na folha de Novembro, então se consta clausula nesse sentido a empresa deve entrar em contato com o empregado solicitando o holerith/extrato de pagamento do INSS para calcular e pagar a diferença, onde a diferença será de (R$ 2.000,00/12)*8 = 1.333.33 - 933,33 = R$ 400,00.
Essa verba deverá ser discriminada no holerit e não terá incidência (inss/fgts/ir), ok.
2 - Em caso de auxilio doença, o pagamento é feito sobre o proporcional, do retorno ao trabalho?
R - No caso do auxilio doença, o INSS pagará no ultimo pagamento o decimo terceiro proporcional, cabendo a empresa pagar os meses em que trabalhou, lembrando que deve observar a convenção coletiva de trabalho
3 - Existe alguma regra especifica quanto ao pagamento do 13º em ambos os casos?
R - Precisa verificar a convenção coletiva de trabalho