Posso utilizar duas séries de NFe simultaneamente?

Talvez até já tenham respondido, porém não consegui resposta na pesquisa do fórum.
Utilizamos o emissor de NFe do SEBRAE para emitir NFes de prestação de serviço em uma pequena clínica e, como a recepção precisa emitir um volume alto de NFes, o sistema, até o momento, consegue gerar arquivos XML para serem importados no aplicativo do SEBRAE. Nesse caso, o aplicativo está configurado para gerar sequenciais de NF da série 001.
No entanto, nossa área de faturamento também utiliza o mesmo aplicativo para gerar NFes para os convênios com os quais a clinica tem parceria. Para evitar duplicidade de sequencial dentro da mesma série (faturamento e recepção), pensei em pedir para nosso faturamento, gerar suas NFes com a série 002 e inicial do sequencial 000.001. Há algum problema nisso? Se não, será necessário alguma formalização ou pedido de autorização junto à Secretaria de fazenda?

Você está certo em dizer que precisa de autorização do Sefaz para utilizar nova série, precisa mesmo.

As séries das notas foram criadas justamente para isso, separar as operações como em seu estabelecimento.

Não há problema nenhum.

Muito obrigado, professora Telma.

Pelo que pesquisei, é necessário " ... lavratura de termo no livro Registro de Utilização de Documentos Fiscais e Termos de Ocorrência - RUDFTO (modelo 6)." É essa a autorização que você se refere? Se não, pode informar a Lei, artigo e inciso que obriga essa necessidade de autorização?
Agradeço antecipadamente.

As legislações são genéricas a respeito das séries das notas fiscais. No Distrito Federal os prestadores de serviços estão obrigados ao uso da NF-e de serviços desde 1º de abril de 2014, Portaria 403/2009.
As legislações apenas dizem coisas do tipo: "a numeração da NF-e será sequencial de 1 a 999.999.999, por estabelecimento e por série, devendo ser reiniciada quando atingido esse limite"; "As séries serão designadas por algarismos arábicos, em ordem crescente, vedada a utilização do algarismo zero e de subsérie", etc. de forma genérica.
Diante disso, as dúvidas surgem naturalmente, por exemplo: "Qual a diferença entre série zero e série única?"; "O que é nº de série na nota fiscal, qual sua importância? Ele pode ser considerado um dos mecanismos de segurança da nota fiscal?", etc, etc.

2) Quanto a seu questionamento: "Para evitar duplicidade de sequencial dentro da mesma série (faturamento e recepção), pensei em pedir para nosso faturamento, gerar suas NFes com a série 002 e inicial do sequencial 000.001. Há algum problema nisso?
RESP. As regras gerais ditas acima, nas legislações, responde justamente a essa questão, ou seja, a numeração da NF-e será sequencial de 1 a 999.999.999, por estabelecimento E POR SÉRIE. PORTANTO, NAO EXISTE PROBLEMAS NESSE PROCEDIMENTO!
Série 1 ou 001 ou 0001 constitui a mesma informação. Pelo manual de integração do contribuinte a série é um campo numérico e poderá conter no máximo três dígitos, ou seja, o número máximo da série é 999.
Poderá ser permitida a utilização de séries distintas, se houver interesse do contribuinte, CONTUDO, O FISCO PODERÁ RESTRINGIR O NÚMERO DE SÉRIES (VER CLÁUSULA 3ª, §2º, Ajuste Sinief 07/2005).
Os contribuintes deverão utilizar documentos fiscais de séries distintas, sempre que realizarem:

1. Ao mesmo tempo, operações ou prestações de serviços sujeitas e não sujeitas ao ICMS;
2. Vendas fora do estabelecimento, inclusive por meio de veículos;
3. Operações com produtos estrangeiros de importação própria, inclusive nas vendas particulares;
4. Operações com produtos estrangeiros adquiridos no mercado interno, inclusive nas vendas a particulares;
5. Operações de saída de mercadorias, armazenadas em depósito fechado ou armazém geral, que não devam transitar pelo estabelecimento depositante.
6. No caso de uso concomitante de nota fiscal e nota fiscal fatura;
7. Quando houver determinação por parte do fisco, para separar as operações de entrada e saída.




3) Se não, será necessário alguma formalização ou pedido de autorização junto à Secretaria de fazenda?
RESP. O artigo 179, §3º, IX, Regulamento do ICMS do DF, diz que as séries serão registradas no livro RUDFTO. Apesar de ser o Regulamento do ICMS lembrar que a SEF/DF adotou o mesmo padrão da nota fiscal de serviço o padrão da nota fiscal do ICMS modelo 55.