Antonio,
Se o serviço foi prestado no municipio de SP o ISS é retido pelo prestador de serviço conforme a LC 116
Art. 3o O serviço considera-se prestado, e o imposto, devido, no local do estabelecimento prestador ou, na falta do estabelecimento, no local do domicílio do prestador, exceto nas hipóteses previstas nos incisos I a XXV, quando o imposto será devido no local: (Redação dada pela Lei Complementar nº 157, de 2016)
XIX - do Município onde está sendo executado o transporte, no caso dos serviços descritos pelo item 16 da lista anexa; (Redação dada pela Lei Complementar nº 157, de 2016)
Agora se o serviço de transporte der inicio em SP e terminar em cubatão, não incide ISS e sim ICMS
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