Luana, boa tarde.
Primeiro cancelar as férias e comunicar ao empregado.
Se estiver vencendo o segundo periodo, então o calculo será o seguinte
Vamos supor que o segundo periodo vença em 06/Maio/2019, mas como ele esta(rá) afastado a partir de 05 de Fevereiro,
do dia 05.02.2019 à 06.05.2019 =
Fevereiro = 24 dias
Março = 31 dias
Abril = 30 dias
Maio = 06 dias
Totalizando = 91
Então quando ele retornar ao trabalho, a empresa terá 61 dias (91 - 30 dias) para conceder férias ao empregado, mencionei 61 dias para que não passe os dias e a empresa tenha quer pagar em dobro os dias que ultrapassar o 91º dia, ok..
Tudo isso e bom explicar para o empregado, para que o mesmo fique ciente.
Na maioria das empresas, concede-se após o termino do afastamento, assim o mesmo terá mais 30 dias para se recuperar, ok..