Michele, também estou à procura desta informação.
Encontrei o seguinte link:
https://www14.receita.fazenda.gov.br/cadsincnac/jsp/coleta/ajuda/topicos/Tipo_de_Unidade.htm
Repare que no próprio link conseguimos saber que se trata de uma informação da Receita Federal, sobre o preenchimento do cadastro sincronizado para criação do Depósito fechado.
O mesmo informa que:
Se selecionada Unidade Auxiliar, deverá atribuir o Código de Atividade Econômica -
CNAE do estabelecimento ao qual serve. Se a unidade auxiliar atender a mais de um estabelecimento da empresa, deverá ser atribuído o código de atividade econômica - CNAE da unidade de produção com valor adicionado de maior peso relativo, aceitando-se, a título de simplificação, o código da atividade principal da empresa como um todo.
Outro local que fala sobre o assunto é:
http://contadezlp.cenofisco.com.br/ctz/ctz.dll/Infobase/37b452/37b455/37b52e/37bcbe?f=templates&fn=document-frame.htm&2.0#JD_perg30246 CNAE - Qual código de atividade econômica deve ser utilizado para cadastro de depósito fechado na Secretaria da Receita Federal?
Consulta formulada em 12.10.2006
Nas inscrições/alterações de dados cadastrais de estabelecimentos que exercem atividades voltadas para a própria empresa (unidade auxiliar - depósitos de mercadorias próprias, sedes de empresa e unidades administrativas locais), deverá ser indicado o código de atividade correspondente à atividade principal do(s) estabelecimento(s) atendido(s) pela unidade auxiliar (Resolução CONCLA 03, de 04 de julho de 2002).
A partir da implantação da versão 1.1 da tabela CNAE-Fiscal no
CNPJ, foram extintos os códigos de atividades:
6312-6/03 - Depósito de mercadorias próprias;
7415-2/00 - Sedes de empresas e unidades administrativas locais.
O uso desses códigos já havia sido bloqueado pela Resolução CONCLA nº 04, de 04 de julho de 2002.
Portanto, chego a conclusão que devemos utilizar mesmo o CNAE principal da empresa.
Espero que ajude a todos.