Bom dia Rafael!
A diferença de alíquota será devida pelo estabelecimento que adquiriu fora do estado de Minas Gerais produtos cujo a sua alíquota interna é maior que a alíquota interestadual, ou seja, se a filial fez esta aquisição deverá ela recolher o diferencial de alíquota e não a matriz. Lembrando diferencial de alíquota incide sobre aquisição de material uso e consumo ou ativo imobilizado fora de Minas Gerais quando quando o estabelecimento adquirente não for enquadrado no Simples Nacional. Quando o estabelecimento adquirente for enquadrado no Simples Nacional o diferencial incidira na aquisição de mercadorias, matérias prima, uso e consumo e ativo imobilizado fora de Minas Gerais, quando a sua alíquota interna for maior que alíquota interestadual.
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