Bom dia,
Patrícia, se a sua empresa faz coleta de resíduos, você emitirá nota fiscal de serviços com o item 7.09: Varrição, coleta, remoção, incineração, tratamento, reciclagem, separação e destinação final de lixo, rejeitos e outros resíduos quaisquer.
Nessa sua NF você deve citar o peso do resíduo coletado. Lembrando que essa operação é tributável pelo ISSQN, sendo este recolhido para o município onde houver a coleta. Caso sua empresa não seja Simples Nacional, também haverá a incidência de retenção de 11% de INSS e portanto deverá observar as regras da IN 971/2009.
Ainda nessa esteira, se a sua empresa fizer só a COLETA, não deve ser destacado e nem retido pelo tomador o IR de 1,0% e o PCC de 4,65% pois somente a atividade de COLETA não é parte integrante de limpeza e/ou conservação.
Quanto ao descarte do resíduos, ou melhor dizendo, a destinação final de resíduos será feito por um terceiro, aplica as mesmas regras citadas acima. Depois disso você pode definir que a empresa de destinação final pode emitir uma nota fiscal de serviços diretamente para esse cliente gerador dos resíduos.