Boa tarde, Lucas R. Santana!
Não é necessário fazer observação na NF-e e poderá se creditar do ICMS conforme estabelece o RICMS/SP.
Não havendo destaque do valor do imposto no documento emitido em razão da retenção procedida em fase anterior da comercialização do combustível, por contribuinte substituto, é de se frisar que, para efeito de aproveitamento do respectivo crédito fiscal, o contribuinte, conforme determina o Artigo 272 do RICMS/SP, calculará o valor correspondente, mediante aplicação da alíquota interna sobre a base de cálculo que seria atribuída à operação própria do remetente, caso estivesse submetida ao regime comum de tributação.
As aquisições de combustíveis efetivadas por veículos abastecidos em Postos de Combustíveis situados em outros Estados com a emissão da Nota Fiscal correspondente, propiciam também ao contribuinte o direito ao crédito do valor do ICMS pertinente. Para tal fim, por ser considerado como uma operação interna, a alíquota aplicável para o cálculo do imposto devido na operação deverá ser aquela para as operações internas de cada Estado onde estiver localizado o estabelecimento varejista de combustível.