Prezado Renan, bom dia.
Primeiramente, gostaria de deixar claro, que a legislação estadual do seu estado não é o meu forte. Por isso peço gentilmente desculpas se eu estiver errado.
Mas pelo que entendi, acho que você estava fazendo a apropriação do crédito de forma equivocada. Observe a Portaria CAT nº 41/2003:
Artigo 1º - O contribuinte, para efeito de lançamento do crédito decorrente da aquisição de bem destinado ao ativo permanente deverá, em cada período de apuração:
I - emitir, em seu próprio nome, uma única Nota Fiscal, modelo 1 ou 1-A, englobando todos os valores apropriados mensalmente como crédito, no Quadro 5 do "Controle de Crédito de ICMS do Ativo Permanente - CIAP", modelo D, a qual deverá conter, além dos demais requisitos:
a) como natureza da operação: "Lançamento de Crédito - Ativo Permanente";
b) o Código Fiscal de Operação ou Prestação - CFOP 1.604;
c) o valor da parcela do ICMS a ser creditado;
II - manter no bloco de notas todas as vias da Nota Fiscal, sem destacá-las, ou, no caso de notas não confeccionadas em blocos, manter unidas todas as suas vias;
III - lançar a Nota Fiscal de que trata o inciso I no livro Registro de Entradas, com utilização das colunas "Documento Fiscal" e "Operações com Crédito do Imposto".
Parágrafo único - O produtor não equiparado a comerciante ou industrial deverá lançar o crédito das aquisições de bens do ativo permanente por meio da emissão de Nota Fiscal de Produtor, aplicando, no que couber, o procedimento previsto no "caput".
Artigo 2º - Fica revogado o § 2º do artigo 5º da Portaria CAT-25, de 2 de abril de 2001.
Artigo 3º - O lançamento de crédito de que trata esta portaria relativo aos períodos de referência de janeiro a abril de 2003 deverá ser feito, unicamente para efeito de informação do CFOP em GIA, por meio de um único documento fiscal emitido em maio de 2003, observando-se quanto à escrituração o disposto no artigo 1º.
Parágrafo único - O valor do crédito escriturado por meio do documento fiscal previsto no "caput" deverá ser estornado no livro Registro de Apuração do ICMS do mês de referência de maio de 2003, no quadro "Débito do Imposto - Estorno de Créditos".
Artigo 4º - Esta portaria entra em vigor na data de sua publicação, produzindo efeitos em relação aos créditos relativos a aquisições de bens do ativo permanente lançados a partir de 1º de janeiro de 2003, inclusive extemporaneamente.
Persistindo dúvidas, ou possua um ponto de vista diferente, por favor, volte a postar.
Atenciosamente,