fabiana, boa noite!
o único art.que "tratava" da subst. trib. dentro do estado de sp relacionado a transporte "era" o art.317, que foi revogado!
agora transporte paga icms normalmente(não que antes não pagava, mas o tomador era o responsável pelo pagto diante da interpretação do art. sendo deste estado (sp), lucro presumido e real pode se creditar dos insumos(oleo diesel), logo obedece a conta gráfica, débito e crédito, tendo a obrigação do pagamento do mesmo(caso ocorra) ex. de não ocorrer é quando existe estoque de óleo diesel superior ao transporte!
não esquecendo de vossa pergunta, simples nacional esta na mesma situação, deverá ser informado "sem substituição tributária" ao caminhar para o preenchimento da guia. aproveitando a oportunidade, existe várias maneiras de se discutir o pagamento ou não do icms, por exemplo...uma indústria que contrata uma transportadora para transportar um produto cujo objetivo direto é a exportação, poderá ter o icms suspenso para a transportadora......entre outros jeitos.........(recomento uma consulta tributária antes de tomar esta decisão! um grande abraço!!!!!!!!!!!!!!!!!! lembrando que, minha visão nesta simples resposta é unicamente na posição de aluno, sempre algo a aprender!!!!!!!!!