Esquecimento de Recolhimento de INSS Autônomo

Boa Noite! Me deparei com uma situação e gostaria da opinião de vocês.
Fiz um lançamento no mês passado a um autônomo no valor de R$ 2.250,00 porém na instituição no qual trabalho somos isentos da cobrança de INSS por parte do empregador como também a parte de terceiro, automaticamente descontamos do prestador de serviço 20% de INSS sobre o valor do serviço.
Acontece que na folha de Setembro realizei o lançamento, não fiz o desconto de INSS do autônomo e automaticamente não houve o repasse na Sefip. Porém nesse mês (Outubro) houve uma nova prestação de serviço, aí foi que observei que não tinha realizado o desconto anterior de INSS.
A dúvida é: Tenho que fazer a Sefip Retificadora apenas com ele, e o valor a ser recolhido como faço para descontar do prestador uma vez que não descontei no mês anterior?? no meu ver não posso descontar do novo serviço prestado atual. Apenas a título de informação esse mês o valor Prestado chegou ao teto máximo previsto por lei R$ 932,75.

Bruno Raphael da Silva Lacerda, terás de retificar a GFIP de setembro, lançando todos os trabalhadores na modalidade "9", e informando o valor da retenção desse autônomo, o que vai gerar uma GPS maior do que a anterior, lógico.

Agora, ou a instituição "assume" esse valor não retido como um custo dela, ou desconta no próximo pagamento ao autônomo.

Márcio. Boa Tarde!
Muito Obrigado pelos esclarecimentos,foi de muita importância. Abraços!