Prezados colegas boa noite,
Em São Paulo os medicamentos estão sujeitos a Substituição Tributária, assim sendo, na aquisição interestadual deve ser calculada e recolhida a antecipação tributária.
O Cálculo da Antecipação deve ser realizado com base na tabela de preços da ANVISA portal.anvisa.gov.br
Caso o medicamento não conste na tabela, deve-se aplicar os percentuais previstos na Portaria CAT 149, de 14 de Dezembro de 2015.
Ressalto que, caso o medicamento conste na tabela basta aplicar a alíquota do ICMS sobre o valor da tabela e deduzir o ICMS destacado na Nota Fiscal do fornecedor, pois não há a necessidade de aplicação de MVA pois a tabela da ANVISA já refere-se ao preço Máximo ao Consumidor.