Julio,
O que você quer não existe.
Veja, um sistema completo envolve no mínimo contabilidade, escrituração fiscal e folha de pagamento. Um sistema completo deve ser atualizado e aperfeiçoado de modo a atender a legislação federal, estadual e municipal, legislação essa que muda o tempo todo. Um sistema completo demanda suporte técnico para se adequar às necessidades particulares da sua empresa.
Enfim, tudo isso gera um custo considerável para ser criado e mantido, logo, é impossível ter um bom sistema, completo, e ainda assim gratuito.
Eu mesmo, no início, tinha esse pensamento de buscar um software que não me gerasse custo, já que o ganho de quem está começando é muito baixo. Porém, não encontrei nenhum, ao contrário, a medida que fui exercendo a profissão aprendi a dar valor ao sistema pago, com suporte e atualizações frequentes, já me ajudaram em muitos momentos.
Escolher bem o sistema que vai usar é muito importante, porque a dor de cabeça para mudar depois é enorme.
Abraços,