Cara Janaína,
Como houve a mudança de sistema, a prefeitura está "cancelando" os códigos para obrigar-nos a preencher todos os cnaes dos respectivos códigos de iss já existentes no ccm, porém quando incluímos o código de serviço de novo, o sistema não cancela o código apenas mantem a continuidade dele. (não sei se ficou claro!)
Quanto a tfe http://www.prefeitura.sp.gov.br/arquivos/secretarias/financas/legislacao/IN-SF-Surem-09-2010-Anexo.pdf consulte no link se o sistema está correlacionando corretamente.
a regra é essa:
Art. 14 - A Taxa será calculada em função do tipo de atividade exercida no estabelecimento, em conformidade com a Tabela Anexa a esta lei - Seções 1, 2 e 3.
§ 1º - A Taxa será calculada pelo item da tabela que contiver maior identidade de especificações com as atividades exercidas no estabelecimento considerado, observada a Classificação Nacional de Atividades Econômicas - CNAE-Fiscal, na forma da legislação federal, e a Tabela Anexa, sucessivamente.
§ 2º - Enquadrando-se o estabelecimento em mais de um item das tabelas referidas no "caput" deste artigo, prevalecerá aquele que conduza à Taxa unitária de maior valor.
§ 3º - A Taxa será devida integralmente, ainda que o estabelecimento seja explorado apenas em parte do período considerado.
ou seja, correlacione todas os cnaes com suas respectivas TFE's, depois confira a que tem maior taxa unitária,
os valores unitários vc pode conferir neste link: http://www.prefeitura.sp.gov.br/cidade/secretarias/fazenda/legislacao/index.php?p=3175
Por exemplo:
Código Item da Tabela Anexa à Lei Grupo de Atividades conforme as Leis 13.477/02 e 14.125/05 Período de Incidência Valor da Taxa (2017)
30104 1 Agricultura, pecuária, silvicultura, exploração florestal, pesca, aquicultura e serviços relacionados com essas atividades. Anual 234,12
30201 2 Indústrias extrativa e de transformação Anual 936,51
se você tiver cnae que remeta ao 30104 e ao 30201, a tfe que o sistema deve escolher é a 30201 pois possui maior valor unitário.
Deu pra entender?
espero ter ajudado.
att