ganho de capital

Bom dia

Em fevereiro de 2016, foi realizado a declaração de ganho de capital de um imóvel adq em 1999 , ganho de capital de R$ 907 mil (valor de venda do imóvel R$ 915 mil, e de aquisição R$ 8 mil), onde R$ 250 mil iria ser aplicado em um outro imóvel dentro de 180 dias. Porém não foi aplicado. O que tenho que fazer agora, somente gerar uma Darf da diferença do imposto? ou tenho que retificar a declaração de ganho de capital?

Sim...deve retificar no Programa de Ganho de Capital, para que quando for importar para a Declaração de Ajuste venha com as informações corretas

Obrigada Marcelo, mas estou ainda com outra dúvida: quando do envio da declaração de ganho de capital original, já foi recolhido R$ 25.789,18 mil de imposto, agora fiz a retificação e ainda tem que pagar 31.244,68, portanto no próprio programa de ganho de capital, mesmo eu colocando que foi pago os 25.789,18 de imposto, ele sai uma Darf do valor total, ou seja, 57.033,86. Não deveria sair somente da diferença?

Sim, você teria apenas a diferença mesmo.
Sugiro você entrar em contato com a Receita Federal da sua cidade, eles podem te orientar melhor, pois acho que deve ser algum detalhe no preenchimento.