Bom dia Marcelo,
Objetivamente falando, não, o que garante o reconhecimento do tempo trabalhado como especial, não é o recebimento do adicional de insalubridade, mas sim a exposição do trabalhador ao agente nocivo (antigamente inclusive também pela atividade exercida).
O fato de o funcionário receber o adicional de insalubridade não garante ao mesmo que o período seja reconhecido como especial perante o INSS, neste mesmo sentido, ainda que o funcionário não receba o adicional de insalubridade não quer dizer que ele não possa ter esse período reconhecido como especial pelo INSS (dupla penalidade).
São duas esferas diferentes, a trabalhista (adicional de insalubridade) e a previdenciária (tempo especial).
Em alguns casos, por exemplo, o funcionário está exposto a algum agente nocivo, porém, com a utilização do EPI neutraliza-se a exposição.
Neste caso, o funcionário deixa de receber o adicional de insalubridade, pois o EPI tornou-se eficaz.
Mas isto não obstem o funcionário de ter o período reconhecido como tempo especial, com base no Enunciado Nº 21 do CRPS:
"O simples fornecimento de equipamento de proteção individual de trabalho pelo empregador não exclui a hipótese de exposição do trabalhador aos agentes nocivos à saúde, devendo ser considerado todo o ambiente de trabalho."
Assim, também de nada adianta você pagar o adicional de insalubridade e apontar na SEFIP a exposição do trabalhador se ele não estiver exposto a nenhum agente nocivo de fato.
Mas você como empresa, deve preocupar-se apenas com a exposição do trabalhador, para isto, analise os laudos ocupacionais da empresa antes de tomar qualquer decisão.