Prezada Kelly,
Bom dia!!
Não existe impedimento legal para que os contribuintes recolham valores inferiores ao devido mensalmente, desde que essa contenha o montante mínimo de R$ 10,00.
No entanto, as dividas integrais, são informadas ao órgão competente, RFB, via SEFIP/FGTS, que tem ciência do valor que lhe cabe e a amortizará na importância que for paga. O saldo remanescente sofrerá a incidência de multa de 0,33% pro rata dia, ate o limite de 20%, acrescidos da variação selic contadas do mês de incidência.
Como colocado pelo Colega Daniel, a empresa deve ficar atenta, caso em seu portifólio pratique oferta de produtos via licitação ou concorrência, uma vez que nesses casos, a exigência da certidão emitida pela RFB apresentará restrições a sua emissão, inviabilizando sua participação nesses certames.
De qualquer forma, creio que enquanto não exista fluxo de caixa suficiente para quitação integral da guia, é valida a opção de recolhimento relativo a parte descontada, para que os empregadores não incorram no crime de apropriação indébita, prevista no art. 168 do Código Penal, que os sujeita a pena de reclusão de 2 a 5 anos.
Essa é a minha opinião, smj.
Espero ter colaborado.