Crédito presumido é uma técnica de apuração do imposto devido que consiste em substituir todos os créditos, passíveis de serem apropriados em razão da entrada de mercadorias ou bem, por um determinado percentual relativo ao imposto debitado por ocasião das saídas de mercadorias ou prestações de serviço.
Imagino que na produção dessas sementes não tenha crédito fiscal (geralmente os produtores só têm gastos, tipo adubo, produtos químicos para matar pragas, etc), então, para não ficarem prejudicados o Fisco concede um crédito presumido (como não tem crédito fiscal nas entradas, mas somente gastos, o Fisco cria um crédito fiscal para você, de forma presumida, inventada, a fim de aliviar sua carga tributária com os produtos).
Diante desse cenário, uma venda desses produtos do Maranhão para o Rio Grande do Sul, valor da NF-e R$ 100,00. A alíquota é 12% (Resolução 22/89 do Senado Federal), o Fisco concede um crédito presumido de forma que sua carga tributária não seja 12%, mas apenas 2%, como dito por você!
Assim, na base de cálculo de 100, conforme exemplo, deverá emitir a competente nota fiscal sempre que realizar operações de venda, destacando a alíquota cabível a cada operação. Nesse momento é que entra o crédito presumido, então você lançará em outros créditos na DIEF (OU LIVRO DE APURAÇÃO) os R$ 10,00, de forma que em cima de 100 não pague 12, mas apenas 2.
